2013年9月23日上午10点，时值中国基督教三自爱国运动委员会成立63周年纪念日之际，云南基督教神学院也迎来了大喜的日子，因为拆迁重建工程开工典礼在昆明市五华区普吉办事处大普吉村隆重举行。云南省宗教事务局党组书记、局长熊胜祥；云南省政协民宗委副主任郭秀文；云南省第二建筑工程公司党委书记倪灿华、副总经理马兵等莅临开工典礼。
首先，由云南省基督教协会会长靖玖玮牧师为典礼及以后的重建工作献上祷告。然后由云南基督教神学院诗班和富民小水井苗族教会诗班分别向主敬献诗歌《神要开道路》、《须出声来赞美主》、《哈利路亚》等。
之后，由中国基督教三自爱国运动委员会副主席、云南省基督教三自爱国运动委员会主席余文良牧师代表云南省基督教“两会”和神学院致辞；云南省宗教事务局副巡视员王爱国代表省宗教事务局致辞；云南省基督教协会名誉会长、云南基督教神学院前院长李从明牧师祝福。
最后，由云南省宗教事务局熊胜祥局长宣布云南基督教神学院拆迁重建工程正式开工，并举行了剪彩和奠基仪式。
云南基督教神学院于1950年在昆明和当时在昆各派神学院合办，时称“云南圣经学校”，后于1989年经云南省人民政府批准，由云南省基督教“两会”开办，始称“云南基督教神学院”。 2007年1月，学院位于昆沙路59号的房屋因市政建设被拆除，至今近7年的时间里云南基督教神学院都在各处租借房屋办学。经有关部门多方协调，今选址于昆明市五华区普吉办事处大普吉村进行重建，包括礼拜堂、教室、图书馆、办公楼、学生宿舍等，建设用地面积约1.5万平方米，建筑面积约9千多平方米，总投资约4000余万元。
我们的上帝是垂听祷告的上帝，愿主内弟兄姐妹继续为云南基督教神学院多方代祷，以让她成为培育边疆少数民族教会合乎上帝所用器皿的学院，因为云南有近百分之八十的弟兄姐妹居住在偏远的山区一带，且多数为少数民族信徒。学院建成后，每年招收神学大专班学生将达每班50人，中短期教牧培训班学员50人。届时，在校学生将达200人。愿上帝施恩的手常与云南基督教神学院及每一个关心、支持学院建设、教学工作的人同在，愿这院宇后来的荣耀大过先前的荣耀！
