在2011年因暴雨倒坍的广州基督教万善堂将原地重建，广州市国土资源和规划委员会已在网站上发布了批前公示。万善堂的重建由广州市基督教协会负责。

万善堂的重建位置在荔湾区西华路芦荻西街50号自编1栋，广州市国土资源和规划委员会网站上还分享了复建的方案图。

曾任万善堂牧师的梁图光写过一篇万善堂历史的文章《中华基督教会万善堂简史》，该文收录在广州文史网中。

梁图光牧师介绍，万善堂的历史可以追溯到1912年。1912年，伦敦差会传教士祁理信牧师本着《圣经》“叫我传福音给贫穷的人”这一教训，在上西关万善里租赁平房一间开设福音堂。这一带地方原系劳动大众聚居之处，故于此设堂传教，以求合乎《圣经》教训。

20世纪20年代初，广州市长孙科把市内之无主庵堂寺观划归公产，开投拍卖。万善堂就在此时买下芦荻西50号原为和尚寺的“地藏庵”废址，兴建礼拜堂。至于购地与建筑费用，一部分系伦敦差会拨来，一部分由教友捐款，并向丛桂新街堂教友刘体志牙医师借来白银一千元，新堂才得建成。

万善堂是一间穷教会，信徒多为店员、工人、手工业者、小商小贩。

1926年冬，举行礼拜堂落成礼拜，取名芦荻巷礼拜堂。万善堂设有崇拜的主堂、花园、主日学室、祈祷室、妇女服务团室、教牧人员宿舍。

新堂建立之时，中华基督教会广东协会已成立，伦敦差会参加了这个组织，故冠以“中华基督教会”，又因该堂发源于万善里，乃袭“万善堂”之名，示不忘本，且“万善”一词极有意义，因而更名为中华基督教会万善堂。

1933～1949年是万善堂的兴旺时期，该堂曾在广州被日军攻陷时期开办了一系列慈善事业，还创办了教会刊物。

1938年10月，广州被日军攻陷，许多百姓处于饥饿之中。这时，万善堂向国际救济会广东分会及天主教石室方面领来大批粮食，开办施粥救济。每人可得白粥一大碗，黄豆煮大头菜一匙羹，每天来堂吃粥者最多时逾千人。遇有生病之贫困教友或教外人之来求助者，则介绍往博济、柔济（今中山二院及市第二人民医院）免费医治。该堂在广州沦陷期间，从施粥救济、开办福音识字班到由此扩充为万善中、小学与童光孤儿难童院。

今天的一些教会办了教会的刊物，这个不是当今教会的创新之举，万善堂在1938年就有教会刊物。当时的教会刊物的内容有讲道文章、教会及教友消息、灾民情况、教会历史考究、喻道小品、《圣经》专题论述、教友信息、中外教会动态、征信录等，并附登万善中学及万善小学与童光孤儿院的情况。

1959年冬，广州各礼拜堂开始进行大联合，不再有宗派会别之分。中华基督教会万善堂亦同时加入了今之“基督教锡安堂”。

据羊城晚报报道，万善堂划归锡安堂后，万善堂建筑曾作为小学、制衣厂、宿舍等使用，2000年左右主体建筑空置，2011年8月，年久失修的万善堂因暴雨倒塌。