长春市基督教会的历史可以追溯到清朝的光绪十二年，它是吉林省内最早建立起来的基督教会之一。
教会创立的起初
长春市基督教会始建于1886年，占地面积4700平方米，由英国傅多玛牧师建立，原地址为长春市南关区西五马路37号（现地址为长春市南关区西五马路615号）。
起初在西三道街租房创立福音堂，1888年首次为信徒施行洗礼。1893年，英国牧师纪礼备到会。
1894年，中日甲午战争期间，英国传教人员全部退避营口，1895年，纪礼备牧师等人返回长春。
1896年创办教会施医院，建筑面积16000平方米(今长春市妇产科医院)。1897年在此修建英国人牧师府，1898年牧师府竣工。1899年建造了长春基督教堂最早的一座大礼拜堂。
1900年7月，长春兴起义和团运动，在长春的英国教牧人员远避俄国，长春市基督教女施医院的建筑物被毁坏一部分。庚子赔款后，英国传教人员返回长春，重整教会。
学道馆的建立
1907年，创办教会萃文学校,建筑面积为12836平方米(今长春市西五马路小学)。1920年纪礼备牧师第三次回到长春侍奉，不久被盗贼杀戮身亡。
1922年，封立中国人陈明善、史世良为长春基督教堂牧师（本堂中国的第一批牧师）。
1933年秋，为了纪念英国传教士纪礼备，信徒捐款在教会建筑两层楼的学道馆（后称女施学道馆）。
1934年，学道馆竣工后，在一楼走廊口的墙壁上刻石碑文志念：“纪公礼备于1893年至1920年布道长春，忠于所事，友人因爱，情捐资建楼，籍留纪念”。（碑文今存于教会的展览馆内）。
老礼拜堂、小礼拜堂和牧师府宅
1934年，在英国牧师张士敦的主持下，新建单峰钟楼礼拜堂一座，这所教堂被视为本教会的‘老礼拜堂’，实际上是第二座礼拜堂。
1940年，建小礼拜堂一座，也被称为本会的第三座礼拜堂，和老礼拜堂连在一起，同时成为信徒聚会的场所。
1941年12月，太平洋战争爆发后，英国传教士被日本关东军拘禁于沈阳，不久被驱逐出中国东北地区。长春基督教会由胡成国牧师主持。
东北地区沦陷期间，“满洲国基督教联合本部”驻在教会楼内。
到1945年，“八·一五”光复前，长春市基督教会占地面积和建筑面积都比较大：正面是爱尔兰式大礼拜堂，大礼拜堂北侧后院是学道馆，西侧平房为牧师府宅，紧连着大礼本堂西侧为小礼拜堂。大礼拜堂东侧为英国牧师府和教会施医院（今长春市妇产科医院），东北毗邻教会学校（今长春市西五马路小学）。
副礼拜堂、主礼拜堂和新礼拜堂
“文化大革命”期间，教会被迫停止活动，教会房产被一些单位占有。
落实宗教政策后，1979年12月25日教会恢复正常活动。1980年7月占用单位全部迁出，政府拨款，经过3个月修缮，恢复宗教活动。
1.副礼拜堂
1990年，由信徒捐款在原小礼拜堂的基础上建造一座副礼拜堂，是教会的第四座礼拜堂，又称小礼拜堂。
建造面积约有600平方米，与老礼拜堂连在一起，同时成为信徒的聚会场所；这是解放后长春市基督教会第一次发动信徒捐款建造的礼拜堂。
2.主礼拜堂
1997-1198年教会在老礼拜堂的位置重建了一座主礼拜堂，也称第五礼拜堂，重建后的礼拜堂建筑面积为2900平方米，十字架的顶部为47米。
此间，主礼拜堂和副礼拜堂一次聚会可容纳约4000人。主堂用作：周三、周五聚会和周六、周日聚会；副堂用作：早祷聚会和周日的青年团契聚会、周日第一场聚会以及大型节日的聚会。
原长春市基督教的六大派别几个教会统一成立长春市基督教会，本会实行联合礼拜。
3.新礼拜堂
2010年4月5日到2010年10月30日，长春市基督教会用8个月的时间，完成了教堂装修改建和整体规划。把副礼拜堂拆除，沿着主礼拜堂方向改建为综合楼，新礼拜堂把主礼拜堂和综合楼的礼拜堂连成一个大礼拜堂，总建筑面积为6500平方米。
2010年对主礼拜堂进行‘装修改建、整体规划’以后，这座“新礼拜堂”成为第六个礼拜堂。长春市基督教堂2010年被评为“首届国家级和谐教堂”。 长春市基督教会现有传道人7名，其中牧师6名，教士1名。
