目前，甘肃甘南藏族自治州所辖七县一市只有临潭县具有政府批示的基督教会。
甘南州是以藏族为主的多民族聚居区，是一个多宗教信仰的地区。一般而言，藏族、土族是信仰藏传佛教，回族、撒拉族信仰伊斯兰教，汉族则多信奉汉传佛教、道教、基督教以及民间信仰。
基督教于1860年由美国传教士伊斯顿传入临潭和卓尼县，伊斯顿一年后回国。1891年，英籍传教士克省吾与美籍传教士斐文光、席儒珍等受美国宣道会的派遣，由西安来到临潭旧城（今临潭县政府所在地城关镇）传教。至1910年，临潭县信教者已有50余人。
在清末至民国期间，许多外国传教士深入到甘南地区的藏区进行传教活动，并分别先后在夏河、黑错（今合作）、阿木去乎、郎木寺、西固（今舟曲）等地相继建起教堂。
1948年后，外国传教士离开临潭，教会财产由当地基督教接管。到1949年中华人民共和国成立前夕，甘南地区共有基督教教堂17处，神职人员17人，信徒131户286人。
1949年随着中华人民共和国成立，英美传教士从甘南地区撤走。到1966年“文化大革命”之前，全州有基督教信徒137户、273人。“文化大革命”期间，基督教与其他宗教一样被禁止，许多信徒受到迫害。
中共十一届三中全会以来，党和国家恢复宗教信仰自由政策。但在甘南地区，却有“限制基督教在藏区的发展，而且不得跨地区进行宗教活动”的规定。
截至2005年底，甘南地区基督教信徒约有5000人，其中临潭县约有2500人，另外的约2500人分布在甘南州的其他县市。全州只有临潭县开放了3个教堂和7处活动点，其他地方的基督徒都是自发活动，属未开放教会。
