吴宝瑛于1897年出生于甘肃秦州（今天水市）的一个基督徒家庭。该城是古代丝绸之路上的名城，是客商来往必经之地。1915年初，英国内地会宣教士金品三医生(Dr. George E. King)在兰州创办了博德恩医院(Borden Memorial Hospital)，但医护人员非常缺乏。于是他在医院内设立医护专科学校，栽培训练中国基督徒医学生。吴宝瑛有幸成为他第一届医学生之一，在随后的几年里，吴宝瑛一面跟金品三学医，一面随他到各地医病传道。吴宝瑛勤学不倦，并且真诚爱主，乐传福音。于1919年圣诞节以优异成绩毕业，并考取执照，成为正式医生。毕业后，他被留在博德恩医院服务，成为主治医生之一，亦成为当时屈指可数的"中国医生传道人"（Chinese Doctor-Evangelist）中的一个。
博德恩医院除医学班外，还设有护士训练班。吴宝瑛的妻子即为早期护士训练班成员，毕业后成为正式护士。他们俩就是在博德恩医院相识相爱，并结为夫妇的。他们共育有二子二女，长女兰香，次子革舜，三女馨香，四子撒母耳。
博德恩医院创办之初，院内有金品三、巴乐德(Dr. Robert C. Parry)和高建成三位医生。自吴宝瑛留任驻院医生后，高建成为实践金品三所主张的"医生传道"的事奉方式，离开医院，深入到甘州(今张掖市)独立从事医疗传道工作。
1920年11月，已在中国医病传道近十年之久的金品三医生，携家返英述职，直到1922年才重回博德恩医院。在这二年期间，院务工作由巴乐德医生主持，吴宝瑛成为他的主要助手，分担医务及行政工作。金品三回来接手后不久，巴医生轮休返英。此后，金医生全部起用中国医生同工，吴宝瑛担负起更多的行政管理责任，吴师母则出任护士长。金品三如此评价吴宝瑛："真挚、务实、能干的行政主任；技术高超的外科医生和抢救灵魂的得胜者!"1925年冬，美国宣教士安乐欢医生(Dr. Leighton P. Rand)奉派到博德恩医院服务，从而增强了医生的阵容，院务也得到进一步扩充，河州医院和痲疯病院相继建立。
正当医院业务蒸蒸日上之际，政局突变。1927年3月24日，国民革命北伐军攻占南京后，不幸发生了"南京事件"，金陵大学副校长文怀恩(John E. Williams)及几位西方传教士被杀。为了保障外侨的安全，欧美等国领事馆下令全面撤侨。金品三院长奉命率甘肃全省50位传教士和眷属，分乘八艘羊皮筏子沿黄河顺流而下，向中国沿海城市撤退。不幸的是，为抢救搁浅的皮筏子，金品三被卷入漩涡中遇难。噩耗传到兰州，博德恩医院众同工皆悲恸不已。当时，西教士中只有年轻力壮的安乐欢医生留下来与全体中国同工合力看守医院，并且尽个人所能主持医院院务。在这段非常时期内，吴宝瑛从旁协助，在各方面给了他很大支持。安乐欢在其7月30日的家书写道："吴医生是一位睿智而又能干的医生，常常为主作见证。对我这位刚在中国开始工作不久，甚至中文还是牙牙学语的人，实在是助益良多，深感庆幸得此良师益友"。同年9月16日，在写给上海内地会总干事何斯德(Mr. D. E. Hoste)的信中，他再次提到吴宝瑛："在医院里，除了吴医生常帮助我外，还有一位邓医生(Dr. Tang)。但吴医生已再三延搁他的假期，过几天他便要回乡了，至于他能否再回这里，目前还是一个问号。......我真实地感到将失去一位良师益友"。
1927年秋，吴医生夫妇首次获得休假，返回家乡秦州探亲。因见秦州尚无医疗宣教工作，其弟吴宝琇亦将从医学院毕业，于是他们计划在家乡合力创办一所医院，发展本地医疗宣教工作。经过两年多的努力，他们的医院已略具规模，教会也建立起来。
1928年4月，马仲英率其所部回军叛乱，四处攻城掠地，闹得人心惶惶。4月下旬，在秦州东南之徽县，年长的贾素珍姑娘 (Miss S. J. Garland) 和年轻的丁崇德姑娘 (Miss Ivy M. Dix) 因救济灾民双双染上致命的伤寒，便向秦州求援。吴宝瑛立即带着李桂香姑娘 (Miss Hilda E. Levermore) 和护士濮美瑛姑娘(Miss Olive M. Botham, S. R. N) 前往救护。但当他们赶抵徽县时，贾素珍已病重，次日清晨即告不治而逝。两位女宣教士留下照顾丁姑娘，吴宝瑛则立刻折返秦州，因他的诊疗所已成为宣教士及妇孺们的避难所，他希望能够保护他们。
1928年5月6日，秦州城被回军攻破。回军进城后，大肆屠杀、抢掠。当日晚，吴宝瑛正在医院内工作，回军破门而入，见人便杀。吴医生首当其冲，头颅被刀劈开，身受重伤倒地。其弟吴宝琇医生 (Dr. Wu Bao-shui) 也身受多处刀伤，一只眼睛几乎失明。兄弟俩倒在血泊中，整整一夜，无人救援。直到次日清晨被人发现时，吴宝瑛已奄奄一息，只留下最后一句话："主与我们同在"，即告别人世，回返天家，年仅33岁。这样一位爱主爱人的医生传道人，竟丧生于一场回乱中，令人惋惜不已！
吴宝瑛的次子吴革舜医生，现居美国，年已逾八十高龄。关于吴宝瑛师母及其后嗣，吴革舜在2004年2月写给黄锡培的一封信中作了交代："我家是自祖父母信主后，成为数代基督徒的家庭。我姊妹弟四人。虽自幼失怙，但神赐给我们一位慈爱热心事奉神的母亲。她被选为女执事，在教会事奉神多年，帮助了许多妇女。她日夜手提助产士皮包，为产妇接生，获得许多妇女、孩子的喜爱；从而抚育我们姊弟成长。她支持我到山西铭贤中学读书，继而在国立中央大学医学院医科毕业。随后我一直在南京一医学院外科工作数十年。1952年，我接母亲到南京与我同住，直到1974年她老人家因高血压、心脏病辞世。在南京期间，我们常去贾玉铭牧师牧养的山西路教会聚会。因我妻子于1962年出国，来美探亲及在医院工作，故她申请我与两男孩来美定居。可喜的是，我们在1977年蒙批准出国，来美阖家团聚了......"。
