为切实做好新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作，北京市基督教两会成立了以主席会长为组长、秘书长总干事为副组长、各场所负责人为成员的疫情防控工作领导小组，全面启动工作预案，加强对教职人员和广大信徒的宣传引导工作。
1月23日上午，北京市基督教两会召集各堂点、燕京神学院、爱德敬老院、青年会、女青年会负责人及两会秘书处工作人员召开专项工作会议，蔡葵主席主持会议，市民族宗教委宗教二处领导出席会议，部署新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作；1月23日晚，王欢秘书长参加市民族宗教委专项工作会议，根据全市统一部署，市两会于1月24日凌晨向各堂点发出了《关于全市基督教活动场所暂停对外开放及停止集体宗教活动的通知》，要求各堂点及所其联系的聚会点自2020年1月24日零点起暂停对外开放及停止开展各类集体宗教活动，得到了各堂点的积极响应。各堂点根据工作部署，成立了本堂点疫情防控工作领导小组，制定了应急预案，密切保持与市两会及所属地区相关部门的联系，加强场所消毒和通风工作，通过张贴公告、在微信公众号、微信群发送通知等方式及时告知广大信徒，并安排教职人员到堂点做好对部分未接到通知的信徒的解释劝阻工作，得到了广大信徒的理解和支持。
1月24日下午，王欢秘书长赴市民族宗教委参加紧急会议，会后，市两会下发通知，要求各堂点严格执行离返京人员零报告制度，教职人员无特殊情况不得离京，返京人员须按规定自行隔离，市两会安排专人对各堂点离返京人员情况进行统计与报送，降低因人员流动带来的感染概率。
1月26日是各堂点暂停对外开放及停止集体宗教活动后的第一个主日，为安抚弟兄姊妹的心灵，市两会在网站及微信公众号发布了吴伟庆会长撰写的以“在爱中守望”为题的祷文和以“丰盛的恩惠”为题的证道文章，并通过微信群与各堂点分享。在此期间，各堂点也利用网站、微信公众号、微信群等方式引导信徒积极响应党中央、国务院对防控工作做出的一系列重要部署，带领信徒为疫情早日消除献上祷告，以实际行动践行“爱国爱教”“在爱中守望”。
