2009年起，基督教全国两会着重拓展培训事工，并研究制定中长期的培训计划，旨在通过开展各种各样的培训，提高教牧人员的素质，提升中国教会的整体素质。
2009年5月份基督教全国两会第一次中西部基层教会神学毕业生培训班在上海举行，有93名学员参加培训。此次培训班上，中国基督教三自爱国运动委员会主席傅先伟长老在开幕式发表讲话中详细介绍了中国基督教的整体情况，中国基督教协会总干事阚保平牧师讲授了“神学思想建设”，国家宗教事务局法规处领导讲授“宗教法规”。
培训班学员普遍反映得到很多造就，在实际侍奉中很有果效，并呼吁再举办类似培训，使其他工作在第一线的基层教牧同工有机会接受培训。
为满足基层教牧同工要求再举办培训的呼声，2010年6月14-19日，基督教全国两会在南京举行了第二次中西部基层教会神学毕业生培训班，中西部12个省、市、自治区的90多位基层教牧同工参加。此次培训的开幕式、闭幕式上，中国基督教协会总干事、副总干事、中国基督教三自爱国会秘书长等重要人士出席并做了讲话。
中国基督教三自爱国会副主席安信义牧师在开幕典礼前灵修会上以“牧养事工指南”为题证道。在证道中，安牧师讲到“好的牧养要先牧养后教导”、“好的牧养要先有爱的心态”、“好的牧养要先面对死，再面对生”、“好的牧养要先看到神后看到人”四个方面，劝勉各位同工在牧养过程中应如何做才能既蒙神的喜悦，又能造就人。
中国基督教协会会长高峰牧师在开幕式的致辞中强调此次培训班的重要性，劝勉大家要有忠心、见识、信心和爱心。之后，高峰牧师以“神学思想建设”为主题，从“神学思想建设的提出”、“为什么要提出神学思想建设”、“神学思想建设十几年回顾”、“神学思想建设的经验”及“今后如何进一步推进神学思想建设”五个方面进行讲解，并结合自身侍奉经历及多年来对神学思想建设的参与，回顾了中国神学思想建设的历程。他强调说：“神学思想建设是我们各项事工的重中之重。”
此次培训班主要从圣经神学、讲道学、传道人的生命与侍奉、教牧关怀和如何做个好传道人等方面讲授，希望能够满足基层教牧同工的信仰与工作需要，更好地服务基层教会，规范中西部教会管理。
闭幕式上，中国基督教培训委员会主任包佳源牧师在总结时分享了此次培训的不容易，并希望通过短时间的培训，每位参加的同工在圣经真理上和神学见解上再一次得到认识和提高。徐晓鸿牧师劝勉教牧同工注重圣经的学习与研究、注重时代与传统的结合、注重知识结构的调整和注重神学思考和理解，更好地为办好中国教会尽上自己的力量。最后，基督教全国两会赠送每位学员由联合圣经公会捐赠的书籍。
基督教全国两会同工就此次培训课程等内容与学员们交流时，学员们表示非常满意，并希望基督教全国两会举办更多类似的培训班，使基层教会神学毕业生有更多“充电”和提高的机会。
此培训班邀请新加坡圣公会大主教周贤正、新加坡卫理公会监督张振忠，香港中国神学院研究院荣休院长周永健博士，香港教牧辅导专家曹敏敬博士和陕西张冠儒牧师等授课。其中，周永健博士和周贤正大主教曾在09年第一次中西部基层教牧人员培训上应邀参加。
