“为惨遭暴恐分子残酷杀害的无辜群众祈祷”、“为昆明坚强祈祷”、“为施暴者悔改祈祷”、“为自己的亏欠认罪祈祷”，昆明“3•01”暴力恐怖事件发生后，一些教会为之代祷。
事件发生后，云南怒江傈僳族自治州泸水县教会连续三天为了这件事祷告。他们主要是为那些无辜受难者祷告，希望神能安慰伤者以及受难者家属，将他们从恐惧和不安中带离出来。信徒们也为施暴者的心祷告，希望他们能回转，去认识上帝。
3月4日，湖南省长沙市城南堂举行了“反对暴恐•祈福昆明”主题祷告会，近200名信徒参加。大家一起为了惨遭暴恐分子残酷杀害的无辜群众祈祷；为昆明坚强祈祷；为国家昌盛、民族团结祈祷；为人民福祉祈祷。
面对这起恐怖事件，四川绵竹教会的辜玉梅牧师做了认罪悔改的祷告，她表示自己以前没有为恐怖事件祷告，是自己的亏欠。她说，在接下来的周四至周六的教会团契活动中，都会为了这件事祷告，在周日的公祷中也会祷告。教会将为死去的人们默哀，为活着的人祷告，求神加添他们力量来面对之后的生活。
