1937年七七事变后，抗日战争全面爆发，在国家民族危难之际，成都教会和广大爱国基督徒，积极投身全民抗日运动，进行医疗救护、募捐现金、抗日宣传、参军赴前线等，为抗击日本侵略建立了功勋，为保存国家文教事业做出了贡献，大后方的成都教会也因战争的机遇得到了较快发展。
1945年2月10日，《天风》在成都创刊，创办人为基督教界爱国人士吴耀宗先生。吴先生创办《天风》的初衷是宣传基督教教义，并试图用基督教的道理来挽救国家的危亡，净化人们的思想灵魂。新中国成立后，《天风》成为宣传基督教爱国思想的阵地和倡导清除教会内的帝国主义影响、摆脱西方控制，实行自治、自养、自传教会的喉舌。1954年，中国基督教三自爱国运动委员会成立后，《天风》成为中国基督教全国组织的机关刊物，在国内外公开发行。
抗战时期，成都市基督教恩光堂曾作为美国飞虎队飞机停靠的地理标志，而当战争胜利时，冯玉祥将军曾登上钟楼敲钟庆贺，全城市民鼓舞欢欣。
1945年8月，抗战胜利的消息传到成都，此时冯玉祥正住在成都四圣祠街仁济医院（今成都市第二人民医院）的小楼里，他与中外朋友一同庆祝这来之不易的胜利，大家一致要求冯玉祥登上恩光堂钟楼，敲钟以示庆贺。冯玉祥登上钟楼，连续敲击大钟108次，向全市人民传达胜利的喜悦。
此外，成都当时并没有军用机场，美国飞虎队的飞机都是降落在城中心的一个坝子上，地标就是恩光堂。在那段没有机场的艰难时间里，飞虎队员以恩光堂为地标，为前线的抗日战士不断地输送着给养和武器。
抗战胜利后好多年，在上翔堂还发现了当时战争的印记。2011年4月在成都市基督教上翔堂总平施工中，在主教府临省司法厅一侧，开挖埋设雨污管道过程中，挖出炮弹一枚，炮弹深埋约2米，并已大面积锈蚀，为防止其发生爆炸危险，当时已联系西御河派出所将其收回处置。
在特殊时期，除了国人积极支援抗战，国际人士也十分关注，比如文幼章（J.G.Endicott，加），他是华西协合大学创始人之一文焕章的儿子，出生于四川乐山，曾在华西协合大学任教（1925-1946），支持中国革命，多次受到毛泽东主席和周恩来总理的接见，荣获中国人民对外友好协会授予外国朋友的最高荣誉“人民友好使者”称号。
