英格兰的国教，叫“圣公会”；苏格兰的国教，叫“苏格兰长老会”。他们属于不同的宗派。
当时，苏格兰和法国的关系很好。在宗教改革时期，苏格兰的国王尽量地倾向于法国。但同时，英格兰亨利八世的妹妹玛丽都铎，嫁给了苏格兰的国王，生了一个公主，就是玛丽·斯图尔特，她是有权来继承应该王位的。
玛丽·斯图尔特父亲，很想把她嫁给法国的国王，因为苏格兰一直和法国结盟，不想英格兰有很多关系，因此，她嫁的就是法国国王。
而英国的血腥玛丽，是一个天主教徒，她用火烧死了三位宗教改革领袖，其中一位是托马斯·克莱曼大主教。在被逮捕后，这位主教本来签署了一份悔改的声明，就是说他愿意悔改，不再抱有宗教改革的思想，愿意回归天主教。但宗教法庭仍判他死刑。最后，这位大主教说：“我现在声明，我收回投降的那个悔改声明，愿意就死在宗教改革的信仰下。”然后，他就把签投降书的那只手首先伸到火里，让火把它烤焦，说：“这只手，让我跌倒，我就它首先化为焦炭。”
玛丽·斯图尔特嫁给法国王太子后不久，太子就变成了国王——法兰西斯二世。但不久，他就死了，玛丽·斯图尔特做了寡妇，回到苏格兰，继续做女王。当他在位时，要在苏格兰推行天主教信仰，这就和一些受英格兰宗教影响的贵族，起了冲突。这时就出现了一位重要的宗教改革领袖——约翰·诺克斯。
诺克斯集合了苏格兰宗教改革的力量，打退了天主教的君王和残余势力的攻击。在这个过程中，也经历过失败，诺斯斯曾流亡到欧洲的日内瓦，受教于加尔文。
当他再回来的时候，玛丽·斯图尔特女王仍旧厉害。但她说：“苏格兰的王位，是我的；英格兰的王位，我也有份。”这让英格兰的伊丽莎白女王很不开心。后来，玛丽流亡到英格兰之后，因叛国罪被斩首了，她的尸体被收到西敏寺。
当伊丽莎白去世后，她没有王室继承人，英格兰就找了苏格兰的詹姆斯六世，继承王位，他就是被伊丽莎白一世杀掉的苏格兰玛丽女王的儿子，被改名为英格兰的詹姆斯一世。从他开始，英格兰和苏格兰就开始联合在一起。
在这个过程中，就确立了苏格兰宗教改革的产物，建立了苏格兰教会，与英格兰的教会不一样。英格兰的教会是主教制的教会，有教区和主教，北面是约克大主教的教区，南面是坎特伯雷大主教的教区。英王是整个英格兰教会的元首。
苏格兰长老会，则是把整个教会化成很多地区的议会，然后在下面有很多堂区的议会，里面有几个角色：一个是担任牧养的牧师，是堂区的灵性领袖；一个是担任管理的长老，是堂区的行政首脑。所以，苏格兰教会是把日内瓦加尔文的管理教会的方式，运用到了当地，施行长老会的制度。苏格兰的神学，非常强调圣经研究。
苏格兰也有主教制教会，但它不是国教。当英格兰的女王在伦敦、曼彻斯特、利物浦的时候，就去圣公会的教堂做礼拜；而去苏格兰的时候，他就到当地的长老会教堂做礼拜，因为在她身上，同时有苏格兰和英格兰王室的血统。
