南京基督教青年会旧址是当地一幢精美的民国建筑，该会于1909年由美籍传教士魏德迈和海尔来华筹组，1912年创立。孙中山先生曾捐资作开办经费，并于就任临时大总统期间出席基督教青年会会议并写贺词勉励。
据《扬子晚报》报道，因一家银行要在旧址下建地下室而向西平移了37米，待施工完成后再移回原址，这是南京为保护民国建筑实施的首次平移。
南京基督教青年会官网还介绍，基督教青年会传入南京，是在清朝末年。受美国基督教青年会北美协会的派遣，美国人魏德迈（Whitman）海士（L·N·Herpes）在清朝宣统元年（1909）来到南京，经过一段时间的工作，他们将青年会传入南京。
辛亥革命（1911）成功以后，中华民国在南京成立临时政府，孙中山先生于1912年元月1日在南京宣誓就任临时大总统，南京青年会才由筹备阶段，转向正式组建成立工作。在原来青年会筹备处的基础上，由国民政府成员王正廷、马伯瑗等人发起倡议，得到孙中山先生的支持，谋求在南京正式成立青年会。
经过几个月的准备工作，向内务部申请得到正式批准，并由内务部指示南京当局拨给地基，以作建筑南京青年会会所之用。在筹措成立青年会会所所需经费的过程中，孙中山先生首捐三千银元，用作南京青年会的开办费。孙中山先生说"青年会乃养成完全人格之大学校也。"由于孙先生带头捐款的促进，全市众多社会人士也纷纷解囊捐款。
南京基督教青年会成立典礼于1912年4月1日在华牌楼会所隆重举行。孙中山先生十分重视青年会工作，以临时大总统之尊率领南京临时政府各部总长和次长，亲临青年会成立典礼，接见了南京青年会中外藉总干事、会长和诸位董事，并一起合影留念。
起先，基督教青年会租用花牌楼，即现在的太平南路周姓大厦作为活动场所，后又搬到保泰街21号。在民国十四年（1925）春天，南京基督教青年会会所正式开始动工建造。经过一年多的施工建设，南京青年会新会所在民国十五年（1926）竣工落成。
该会曾聘请饶伯森博士来南京开无线电、飞机、单轨铁道等科学讲座，还举办卫生展览大会，开展扫盲等活动。1937年日军攻陷南京后，从中华门一路砍杀，基督教青年会的建筑也在劫难逃，大楼上层遭到严重焚毁。1946年，遭日军焚毁的大楼才得以修复。
1949年后，中华路会址成为南京分析仪器厂办公楼。1985年，基督教青年会复会，迁入中山路229号，与女青年会合署办公。
中国的基督教青年会，最早是在清光绪十一年（1885）年由美国基督教传教士在福州的教会学校成立的青年会。光绪二十一年（1895）美国北美青年会协会派遣传教士在天津创办了最早的城市青年会。从1900年以后，相继有上海（1900）、福州（1905）、广州（1909）、汕头、香港（1910）等城市，先后成立了城市青年会。1912年12月12日至15日，在北京召开了中华基督教青年会第六次全国代表大会，宣告中华基督教青年会全国协会正式成立。从此，青年会在全国各大城市逐渐兴办起来。
