近些年来台南开始逐渐流行教堂之旅，而这一风俗最早是从方舟教堂开始。这座用漂流木打造出来的教堂，不但造型令人惊叹，其背后还有着一段风灾中安置灾民的温暖故事，平添了一抹温馨之感。
在2011年三月献堂、可容纳700至800人的漂流木方舟教堂，门面可见68根直立高耸的漂流木排列而成的船首门面，最中间竖立着高十一米的十字架，象征基督领航。会堂外可见动物一公一母伫立草地上，站在其中彷彿望见挪亚率动物上方舟情景。
会堂内分两大部份，后堂保留原木色系与材质，座椅也使用木头座椅；前后堂以彩虹记号与翠绿山野平原设计的布幕隔开，当布幕缓缓上升，进入前堂两侧先是看见墙面鸽子传递大地新生枝枒的好信息；接续往前走去会经过以绿色基调排列、一片绿意盎然的座椅区，周边下摆墙面与墙外花草绿地自然景观融为一体，最前面的舞台背景再现彩虹记号与翠绿山水，一幕接一幕领人从方舟走进新天地。抬头一看，还可见全台少见十架造型的支架灯排列，横排七格象征完全，竖排十二格为十二门徒、十二支派。
据了解，88风灾时，建此教堂的加利利宣教中心曾收容灾民，天天举办聚会安抚人心。后来，宣教中心的陈坤生牧师受呼召要用风灾后的漂流木兴建方舟教堂，唤醒人们应当爱惜自然土地、记取大自然反扑教训外，更让台湾百姓听到圣经中洪水的故事，以方舟纪念上帝的救恩。
然后，这样呼召并不是一件非同小可的事，为此他们曾求三个印证，即求神预备最好的漂流木、原住民建造团队进行外围工程、经费。令他们意向不到的是，林管处人士惊讶的同时表示支持认同，并提供漂流木打造方舟教堂；原住民团队前来施工；信望爱基金会奉献600万。
就这样，漂流木方舟教堂一步步的建设起来，而为紧急时刻亦可成为收容中心，会堂内部特别加宽空间，外侧还新设了卫浴设备。
如此有纪念意义又风格独特的教堂一经报道便不断有观光客前来参观，为让游客也有机会了解信仰，方舟教堂旁边的山坡走道一侧特打造圣经故事园区，共放置旧约80篇、新约66篇故事，图文并茂说明圣经故事时地、人物与文化背景，绕一圈就等于对圣经有了初步了解。
