基督教(新教)传入中国大陆是1807年，而传入淮安（时称清江浦）1887年。到淮安的第一位传教士是美国基督教南长老会赛兆祥（Absalom Sydenstricker,1852-1931）牧师，他乘小木船逆京杭大运河而上，先租赁民房定居并为聚会讲道场所。当年秋天，美国南长老会差遣林亨理，第二年差遣他的兄弟林嘉善（Edgar Archibald），1894年差遣他的第三个兄弟林嘉美（James Baker 1868-1946）来淮安，他们是美国基督教南长老会宣教处早期医学布道家。

他们在赛兆祥牧师的领导下在淮安、楚州（时称淮安）租房传道，创办“仁慈医院”（今为老坝口小学院内），由于门诊人数日增，于1912年在水渡口购地（今市中医院）80亩，建成相当规模的医院，后因钟爱华（Nelson Bell 1894-1973）1916年的加入，使医院成为当时中国最大的医院和世界上最大的教会医院之一。

因信徒日增，于1923年又购买同庆街北一段2950㎡的土地建造耶稣堂12间，计323.67㎡，一次可容纳500余人聚会，还有许多附属房屋。

随着信徒人数的不断增加和向苏北腹地的不断深入，很快美国长老会差遣家雅各、戴德明、米德安、艾德士、孟格美、王慕德、郭伯如、贾嘉美、戴文辉等传教士、医生联袂来淮传教，并建立教堂、医院、学校和妇女学道院（后来任江苏省基督教协会会长的蒋佩芬在淮阴沦陷时曾在此校任教）。时至解放前夕，美国传教士以及所培养的本地传道人已经把福音传到楚州、淮阴、泗阳、涟水、沭阳、灌南、泗洪、洪泽县等地。

1949年淮安解放以后，美籍传教士、医生相继回国，教会的一切事务相继由淮安高美实、孙廷飏、吴慕光牧师管理与牧养。在此期间基督教各派相继而来。据1957年统计淮安各地共设208处堂点，传道人员188人，其中牧师11人，专职传道67人，义工110人，信徒约17600人。

注：想了解更多淮安教会信息，可关注淮安基督教堂微信公众号：