在公元2世纪的最后几年，教会因为罗马帝国内战而暂时过上了相对平和的生活，但仍是不合法的。可以说，早期教会基本上是在逼迫中度过的，但这个逼迫是呈波浪状态的，就是说，并不是三百年间所有的时候，教会都处于被逼迫的状态，而是出现了三四十年的间歇期，让教会可以平稳发展。而当新的皇帝上任，有了新的政策时，教会又会遭遇大的逼迫。

三世纪的时候，教会遭遇了两次大的逼迫，第一次是在罗马塞维鲁皇帝时期。他上任时执行的政策是，要将罗马帝国所有的信仰都统一到对太阳神的信仰上，这遭到了犹太教和基督教信徒的反对。为何当时的人会崇拜太阳神呢？因为在地中海的世界里，太阳有一天是直射南回归线，北半球的白天日照最弱，白天长黑夜短，这在中国的阴历里叫冬至，当时的人没有这样的知识。罗马帝国的冬至节是12月25日，他们认为冬至的时候是太阳神阿波罗的生日，那天太阳是最稚嫩的。塞维鲁皇帝很推崇这个节日，那一天是罗马公民的节假日，也是狂欢节，充满了性的败坏，是帝国道德非常败坏的一天。

这让基督徒非常反感，塞维鲁也作出决定，阻止基督教与犹太教的传播，并宣布所有归信犹太教和基督教的人都属违法。这种环境下，就出现了一些殉道士，最著名的是佩尔培图阿（Perprtua）和菲里西塔斯（Felicitas），她们可能是在公元203年殉道。据《基督教史》的记述，这两位女殉道士可能属于孟他努派，其殉道的记载大概是出自德尔图良之手。

其中，菲里西塔斯在被捕时已经怀有身孕，并在八个月的时候生下了一个女孩，一个女基督徒收养了她的孩子。当时，她的狱友还在为她是否能坚持信仰担心，问她如何能面对竞技场中的野兽，因为菲里西塔斯在狱中生产的时候大声叫喊，她的同伴就觉得，生一个小孩都这样，那大限将至的时候，是否会丧失原则呢？在面对狱友的提问时，她说：“我现在的痛苦只是我的痛苦，但是，当我面对野兽时，会有另一个人活在我的里面，为我担当痛苦，因为我将为他受苦。”真的大限将至的时候，她很勇敢。她和同伴佩尔培图阿在竞技场上要求重新扎好头发，因为蓬头垢面代表着悲伤，而为主殉道对他们来说是喜乐的一天。最后，这两个鲜血淋漓的女基督徒站在竞技场中央吻别，最后被剑刺死。

这次大的逼迫之后，另一位皇帝德西乌斯又开始逼迫基督徒。当时，这位皇帝发现，罗马不再像公元初年的时候那么强大和独霸地中海，反而受到边境少数民族的攻击，士兵也不再像以前那么英勇，整个帝国的道德处于败坏，体质也在下降。

曾有一些考古学家和科学家对罗马帝国的衰落进行过研究，他们发觉，罗马的胜利和衰落有因果关系：罗马罪的猖獗也铸成了它衰败的原因。因为，罗马帝国每一次打了胜战之后，都会在罗马城大宴宾客，几天的时间里，大家胡吃海喝，但致命的是，他们用的酒杯金属含量里全部是铅过量，在暂时的情况下不会有影响，但里面的毒素会进入男士的血液和生殖系统，导致不孕或者大几率的智障儿出生。罗马男人的体质不断下降，以致不能打战，而有很多慢性病，只能雇佣帝国内的少数民族来打战，而这些人文化程度低，会反过来做许多造反的事情。

德西乌斯也在追寻罗马衰败的原因，他认为这个帝国之所以衰败是因为没有尊崇自己的神，帝国各个地方都有神，却忘记了崇拜罗马的神，他就想发起一个祖先宗教仪式的复兴运动，好让罗马鼎盛时期的宗教再复兴。同时，那些不遵守罗马宗教习惯的人就会受到打压。许多基督徒就在这样的情况下受难。但德西乌斯的逼迫是短暂的，公元251年，加卢斯继承了他的皇位，废除了他的政策，于是教会又过了四十年相对和平的日子。