第六十五条：
宗教团体、宗教院校、宗教活动场所有下列行为之一的，由宗教事务部门责令改正；情节较重的，由登记管理机关或者批准设立机关责令该宗教团体、宗教院校、宗教活动场所撤换直接负责的主管人员；情节严重的，由登记管理机关或者批准设立机关责令停止日常活动，改组管理组织，限期整改，拒不整改的，依法吊销其登记证书或者设立许可；有违法所得、非法财物的，予以没收：
（一）未按规定办理变更登记或者备案手续的；
（二）宗教院校违反培养目标、办学章程和课程设置要求的；
（三）宗教活动场所违反本条例第二十六条规定，未建立有关管理制度或者管理制度不符合要求的；
（四）宗教活动场所违反本条例第五十四条规定，将用于宗教活动的房屋、构筑物及其附属的宗教教职人员生活用房转让、抵押或者作为实物投资的；
（五）宗教活动场所内发生重大事故、重大事件未及时报告，造成严重后果的；
（六）违反本条例第五条规定，违背宗教的独立自主自办原则的；
（七）违反国家有关规定接受境内外捐赠的；
（八）拒不接受行政管理机关依法实施的监督管理的。
本条是关于宗教团体、宗教院校、宗教活动场所违反本条例有关规定，应当承担何种法律责任的规定。
本条对宗教团体、宗教院校、宗教活动场所可能出现的八项违法行为的处罚作了规定：
一是未按规定办理变更登记或者备案手续。为了加强对宗教团体、宗教院校、宗教活动场所、宗教教职人员、宗教财产等方面的监督管理，条例对宗教团体、宗教院校和宗教活动场所提出了变更登记或者备案的要求，如第二十四条关于宗教活动场所的变更登记、第二十五条关于宗教活动场所民主管理组织成员的备案、第三十六条关于宗教教职人员的备案、第三十七条关于宗教教职人员担任或者离任主要教职的备案等。宗教团体、宗教院校或者宗教活动场所不履行这些法定的变更登记或者备案手续，将使宗教事务部门的管理缺乏基础。因此，有必要对不履行这些手续的行为作出处罚的规定。本条所说的“未按规定”，包括不履行手续、履行手续时弄虚作假、履行手续超出规定的时限等。
二是宗教院校违反培养目标、办学章程和课程设置要求。本条例第十三条规定，设立宗教院校应当具备的条件之一就是要有明确的培养目标、办学章程和课程设置计划，培养目标是办学的目的所在，办学章程是办学的基本规则，课程设置是办学目的的集中体现。因此，有必要对宗教院校未按上述要求从事办学活动作出处罚的规定。
三是宗教活动场所违反本条例第二十六条规定，未建立有关管理制度或者管理制度不符合要求。本条例第二十六条规定，宗教活动场所应当建立健全人员、财务、资产、会计、治安、消防、文物保护、卫生防疫等管理制度。为此，宗教活动场所管理组织应当依照有关法律、法规、规章的规定，根据本场所的具体情况，制定符合法律要求的有关规定。对本项的理解需注意以下两点：首先，第二十六条提出的管理制度，不是每个宗教活动场所都必须制定齐全的，如不属于文物也未存放文物的宗教活动场所，就无需制定文物保护方面的制度，同时，有的场所还可以制定其他所需的制度；其次，场所制定的管理制度要符合法律、法规、规章的要求，不能与之相冲突，也不能降低相关法定标准。
四是宗教活动场所违反本条例第五十四条规定，将用于宗教活动的房屋、构筑物及其附属的宗教教职人员生活用房转让、抵押或者作为实物投资。宗教活动场所用于宗教活动的房屋、构筑物及其附属的宗教教职人员生活用房，是宗教活动场所存在的必要条件，也是满足信教公民正常宗教活动需要的必要条件，必须依法予以保护。
五是宗教活动场所内发生重大事故、重大事件未及时报告，造成严重后果。本条例第二十九条规定，宗教活动场所内发生重大事故或者发生违犯宗教禁忌等伤害信教公民宗教感情、破坏民族团结、影响社会稳定的事件时，宗教活动场所应当立即报告所在地的县级人民政府宗教事务部门。未及时报告，容易造成严重的后果。
六是违反本条例第五条规定，违背宗教的独立自主自办原则。本条例第五条规定了各宗教坚持独立自主自办的原则，中国的宗教事业由中国各宗教团体、宗教教职人员和信教公民来办，中国的宗教事务和宗教团体、宗教院校、宗教活动场所不受外国势力支配。宗教团体、宗教院校、宗教活动场所不得违背这一原则。
七是违反国家有关规定接受境内外捐赠。其中，“国家有关规定”主要是指本条例第五十七条规定及《社会团体登记管理条例》等。宗教团体、宗教院校和宗教活动场所可以按照国家有关规定接受境内外组织和个人的捐赠，用于与其宗旨相符的活动。宗教团体、宗教院校和宗教活动场所要坚持独立自主自办的原则，不得接受境外组织和个人附带条件的捐赠，接受捐赠金额超过10万元的，应当报县级以上人民政府宗教事务部门审批。
八是拒不接受行政管理机关依法实施的监督管理。其中，“监督管理”主要是指依据本条例及相关法律法规等实施的监督管理。如本条例第二十六条、二十七条规定了宗教事务部门及其他政府有关部门对宗教活动场所进行监督检查的职责；第五十八条规定了宗教事务部门及政府有关部门对宗教团体、宗教院校、宗教活动场所财务管理进行监督检查的职责；第五十九条规定了税务部门依法对宗教团体、宗教院校、宗教活动场所和宗教教职人员实施税收管理。“依法实施”是指实施的监督管理要符合法律、法规、规章的规定。对行政管理机关借监督管理之机行滥用职权之实的，宗教团体、宗教院校和宗教活动场所可以拒绝，还可以向有关部门检举控告。
本条规定了四种处罚的方式：一是由宗教事务部门责令改正。二是撤换直接负责的主管人员，即由民政部门责令该宗教团体撤换直接负责的主管人员、由国务院宗教事务部门或民政部门责令该宗教院校撤换直接负责的主管人员、由宗教事务部门或民政部门责令该宗教活动场所撤换直接负责的主管人员。三是由宗教事务部门或民政部门责令停止日常活动，改组管理组织，限期整改，拒不整改的，依法吊销其登记证书或者设立许可，即由民政部门吊销宗教团体的登记证书，由国务院宗教事务部门撤销宗教院校的设立许可，由宗教事务部门吊销宗教活动场所的登记证书，由民政部门吊销宗教院校或宗教活动场所的法人登记证书。四是没收违法所得和非法财物。
